Les X-Men forment un groupe de superhéros mutants ayant juré de protéger les humains qui malgré tout les détestent. Après une première série dans les années 90, plus fidèle au comics d'origine, mais beaucoup moins intéressante d'un point de vue scénario, celle-ci rajeunit les personnages et nous fait découvrir leur apprentissage de héros.
Sous la tutelle du Professeur Xavier, ils apprendront à utiliser leurs pouvoirs et à respecter les humains « normaux ». La vision pacifique de Xavier sur la cohabitation humains/mutants n'est pas partagée par Magnéto, un autre mutant très puissant, aidé par Mystique et ses disciples, les mauvais mutants. Celui-ci pense que les mutants sont les successeurs des humains dans l'évolution et entend instaurer le règne de l'« homo-superior », par la force si nécessaire. Les 2 équipes s'affronteront sans relâche tout au long de la série.