Yomogi Asanaka, élève de première année au lycée Fujiyokidai fait la rencontre du mystérieux Gauma qui se prétend être un "manipulateur de Kaiju".
L'apparition soudaine d'un Kaiju dans la ville est suivie par celle du gigantesque robot Dynazenon. Au mauvais endroit et au mauvais moment, Yume Minami, Koyomi Yamanaka et Chise Asukagawa se retrouvent alors entraînés dans la bataille contre le Kaiju.
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