Suite à un incident lié à une investigation qu’il a mené, Kobato est un lycéen bien décidé à mener une vie ordinaire et devenir un citoyen normal. Il formule alors un accord avec sa camarade de classe Osanai qui a les mêmes aspirations, d’avoir une rentrée au lycée, la plus calme et normale possible. Cependant, les mystères s’accumulent autour de l’école et pourraient bien menacer leur paisible quotidien ponctué de dégustation de pâtisseries.