Hiro Ryûgasaki, un collégien ordinaire, aspire à affronter ses amis au très populaire jeu de cartes, Shadowverse. Son vœu est finalement exaucé lorsqu'il obtient un mystérieux smartphone sur lequel est installé l'application du jeu. A travers l'interface virtuelle, notre jeune joueur rencontre des rivaux, se fait des amis et acquiert de nouvelles expériences au cours de divers tournois qui lui permettent « d'évoluer ». Mais ces compétitions se révèlent plus tard n'être qu'un test pour sélectionner les « élus » face à un événement apocalyptique imminent...
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