Suite à une invasion extraterrestre, 90% de l'Humanité sur notre planète est maintenant anéantie. Les derniers survivants n'ont aucun souvenir de cette invasion mais reste néanmoins très surveillés. Cependant, trois adolescents seront choisis pour piloter chacun un mecha, qui une fois assemblé n’en forme qu'un, le robot Musashi !