Aya Asagiri est une jeune fille qui se fait harcelée au collège pendant la journée, et qui est persécutée par son grand-frère violent à la maison. N'ayant nul part où se réfugier, elle se met à penser au suicide. Une nuit, alors qu'elle compte passer à l'acte, une page d'un site mystérieux s'ouvre sur son ordinateur. Il s'agit du Magical Girl Site, où une personne étrange lui annonce qu'elle a été choisie pour être une Magical Girl. Le lendemain, elle découvre dans son casier un gros revolver à la crosse gravée d’un cœur. Armée de sa "baguette" magique, elle va maintenant devoir choisir entre pardonner ou punir ceux qui la malmènent. Cependant, les souffrances d'Aya ne sont pas terminées pour autant car d'autres personnes ont reçu aussi ce pouvoir et sont loin d'être bien intentionnées...
Le manga Magical Girl Site (Mahou Shoujo Site) de Kentaro Sato a débuté en 2013 aux éditions Akita Shoten et dénombre actuellement douze tomes reliés, au Japon.