Tonnerre, une jeune chat abandonné, trouve refuge dans un mystérieux manoir appartenant à Lorenz, un magicien retraité, et habité par des personnages truculents : animaux, automates et autres jouets aux talents incroyables. Pourtant Jack le lapin et Maggie la souris n'apprécient guère l'arrivée du nouveau venu et tentent de le faire partir. Or lorsque Lorenz est envoyé à l'hôpital, son neveu Daniel, un agent immobilier sans scrupules, va tout tenter pour vendre sa demeure à son insu. Hors de question pour nos petits amis qui organisent dès lors la résistance et transforment le manoir en véritable maison hantée !
Le Manoir magique est adapté d'un film de douze minutes, Haunted House, du parc d'attraction Bobbejaanland à Olensteenweg en Belgique.
Pour le personnage de Lorenz, le vieux magicien propriétaire du manoir, le coréalisateur Jérémie Degruson avoue s'être inspiré du comédien Pierre Richard : "Initialement, je suis parti sur Pierre Richard, je trouvais que c’était l’archétype du vieux monsieur avec ses cheveux blancs un peu fous, si c’était un film en « live » Pierre Richard pourrait jouer ce rôle-là !".