Un jour de vacances d'été Yôta Narukami, lycéen, rencontre une jeune fille nommée Hina. Cette dernière se présente à lui comme la « Déesse Omnisciente ». Elle prédit à Yôta, confus, que « le monde touchera à sa fin dans trente jours ». Il est alors témoin des pouvoirs prophétiques de la Déesse, ce qui le convainc de son identité. Pour profiter de courts instants de répit, la jeune fille choisit de vivre chez le jeune homme. Toutefois, la naïveté de Hina a tendance à amoindrir ses pouvoirs. Ainsi, débute cet été mouvementé plein de surprises et de rencontres qui précède la fin des temps !