Shiki est un orphelin qui a été élevé par des robots appelés « Animatroniques » dotés d'une conscience dans un parc d'attraction abandonné. Un jour, Rebecca et son chat Happy se rendent à ce parc afin d'enregistrer des vidéos pour le site B-Cube. Dès leur arrivée, il rencontre le jeune garçon qui ne connaît rien du monde extérieur. C'est alors que les machines décident de tout faire pour forcer Shiki à quitter Granbell Kingdom avec ses nouveaux camarades. Après une scène déchirante pour tout le monde, les trois compères embarquent sur leur vaisseau et partent à l'aventure dans le Cosmos Sakura et peut-être découvrir le plus grand mystère de l'univers : une déesse nommée Mother.
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