1 000 ans plus tôt, la Terre, dévastée, fut recréée avec un mécanisme dit d'Horloge Équatoriale en utilisant la force de gravité lunaire. Chaque cité installée sur Terre fut alors construite sur des rouages. A l'heure actuelle, nous nous trouvons dans la grille de Kyoto avec Naoto Miura, un jeune adolescent adorant tout ce qui touche à la mécanique et aux automates. Un jour où il contemple son magazine favori dédié à ces derniers, voilà qu'une énorme boîte atterrit chez lui, fragilisant au passage le bâtiment où il habite. Intrigué, Naoto découvre à l’intérieur une belle automate inactive, visiblement cassée. Alors que l'immeuble menace de s'effondrer, il refuse de laisser cette automate et décide de la réparer. De justesse, il y arrive et celle-ci parvient à le sauver de l'effondrement. Mais qui est-elle donc ? Et d'où vient-elle ?