L’Association Japonaise de Football décide de mettre en place un nouveau programme afin de pouvoir remporter la Coupe du Monde. En partant du constat que les joueurs japonais ne parviennent pas à produire un attaquant de classe mondiale car ils jouent trop collectif, ils mettent en place Blue Lock, une structure d'entraînement à huis-clos qui a pour but de créer le joueur le plus égoïste possible et en faire le meilleur attaquant au monde.
Isagi, un attaquant standard, rejoint ce projet qui réunit des centaines de footballeurs qui vont s’affronter pour leur survie et développer leur égo. Il ne pourra en rester qu’un!