En 1863, la fin du shogunat et l'avènement de l’ère Meiji approche. Kyoto, la capitale, est le théâtre de véritables bains de sang dans cette période agitée entre assassinats et émeutes. Nio est un jeune orphelin bien que marqué par la cruelle réalité de ce monde cynique, il fait preuve d’un profond sens de la justice et d’une volonté inébranlable de rendre le monde meilleur.
Il fait un jour la rencontre de deux hommes Hijikata Toshizo et Okita Souji qui sont à la tête d’un groupe de ronin connu sous le nom des Loups bleus de Mibu qui deviendra plus tard le Shinsen Gumi. Impressionné par les efforts de ce groupe à maintenir l’ordre et la sécurité dans la capitale, Nio décide de s’engager auprès d’eux afin de créer un monde plus juste. Mais, entre les trahisons et les changements d’allégeances, Nio arrivera-t-il à rester sur la voie de la justice en son âme et conscience?