N'étant plus au sommet de la chaîne alimentaire, l'humanité doit faire face à un nouveau prédateur très semblable : les goules. Dotées d'une force extraordinaire, ces dernières profitent de la nuit pour se nourrir de chair humaine.
Deux ans après l'attaque du Centre de Contrôle des Goules (CCG), elles sont de plus en plus prudentes et donc toujours bien présentes dans Tokyo. Une équipe spéciale dont l'objectif est d'exterminer toutes les goules de Tokyo est alors créée. Son nom : Quinx. A sa tête se trouve Haise Sasaki, mi-homme mi-goule, qui a été formé par Kishou Arima.