Sur Tetra Heaven, terre de légende qui a été déchirée par la guerre entre les Dieux pendant une centaine d'années, la paix s'installe enfin. Les Dieux vaincus cherchent à se réfugier dans le monde des Hommes, Septpia, et les prennent d'assaut.
Les Logicalists, membres d'une unité spéciale de la police, ont pour mission de défendre les villes contre ces attaques. Pour pouvoir faire face aux Dieux perdants, ils utilisent la transe union, une technique de fusion avec une divinité.
Le héros, Yoshichika Tsurugi est un jeune homme ayant sauvé le monde par le passé mais ayant perdu la capacité d'utiliser la transe-union.